Les bactéries intestinales d'un donneur ont guéri 81 % d'une infection tenace

Par David Beckwith

Vérification des preuves, 12 octobre 2026. Mis à jour le 31 octobre 2026.

L'affirmation : « Une greffe des bactéries intestinales d'une personne en bonne santé guérit une infection intestinale qui revient sans cesse après les antibiotiques. »

Notre note : Solide. Dans un essai randomisé, les bactéries intestinales d'un donneur ont guéri 81 % des personnes atteintes d'un C. difficile récidivant, contre 31 % sous l'antibiotique standard. Deux produits à base de bactéries intestinales sont désormais approuvés par la FDA. La preuve vaut pour cette seule infection ; les autres affirmations sur l'intestin sont classées plus bas.

Léo a 26 ans, et son fil d'actualité lui dit que les bactéries de son intestin gouvernent son humeur, son sommeil, ses fringales et son poids. Un kit de test de selles est dans son panier d'achat, avec un probiotique à côté.

Changer les bactéries intestinales de quelqu'un a-t-il déjà guéri quoi que ce soit ?

Oui, et dans un cas cela a si bien marché que l'essai a été arrêté tôt. En 2013, des médecins néerlandais ont donné les bactéries intestinales d'un donneur en bonne santé à 16 personnes atteintes d'une infection intestinale qui revenait sans cesse, et 13 d'entre elles (81 %) ont été guéries. L'antibiotique standard en a guéri 4 sur 13 (31 %) [8].

Ce résultat est aujourd'hui un médicament approuvé. C'est aussi la meilleure preuve dont nous disposons que les bactéries de votre intestin peuvent décider si vous êtes malade ou en bonne santé.

D'où vient l'affirmation

C. difficile est une bactérie qui provoque une diarrhée sévère. Elle s'installe souvent après que des antibiotiques pris pour autre chose ont balayé les bactéries normales de l'intestin. En 2017, on estimait à 223 900 les cas chez les patients hospitalisés aux États-Unis, et à 12 800 les décès [48].

Le traitement habituel est un autre antibiotique. Il tue C. difficile, mais ne fait rien pour ramener les bactéries normales, si bien que l'infection peut revenir à l'arrêt du médicament. Dans un essai, elle est revenue en moins de 8 semaines chez 40 % des personnes traitées par antibiotiques seuls [9].

Les médecins ont donc essayé l'inverse : remettre les bactéries manquantes, à partir des selles d'une personne en bonne santé.

L'idée plus large, que les bactéries intestinales façonnent bien plus que la digestion, a atteint la plupart des gens par les podcasts. En février 2022, Andrew Huberman a dit à ses auditeurs que « créer le bon environnement pour que ce microbiote intestinal prospère améliore vraiment l'humeur et le bien-être » [6]. Une semaine plus tard, avec le microbiologiste de Stanford Justin Sonnenburg, il a dit que ces microbes « peuvent être immensément bénéfiques pour notre santé, c'est-à-dire notre santé hormonale, notre santé cérébrale et le fonctionnement de notre système immunitaire » [7]. Il a été honnête sur les limites : dans la même phrase que l'affirmation sur l'humeur, il a dit que les études étaient « surtout menées sur des modèles animaux, en général des souris » [6].

Les bactéries d'un donneur ont guéri 81 % des patients : Solide

L'essai néerlandais a réparti au hasard 42 personnes atteintes d'un C. difficile récidivant en trois groupes. Un groupe a reçu les selles d'un donneur en bonne santé, administrées par une sonde dans le haut de l'intestin grêle. Les deux autres ont reçu l'antibiotique standard, la vancomycine, avec ou sans lavage intestinal [8].

Après une seule perfusion, 13 patients sur 16 (81 %) étaient guéris. Les trois qui ne l'étaient pas ont reçu une seconde perfusion d'un autre donneur, et deux d'entre eux ont guéri. Cela fait 15 sur 16 (94 %).

La vancomycine seule en a guéri 4 sur 13 (31 %), et la vancomycine avec lavage intestinal 3 sur 13 (23 %). L'essai a été arrêté après un premier examen des résultats [8].

Les effets secondaires étaient une légère diarrhée et des crampes le jour de la perfusion. Ensuite, les bactéries intestinales des patients étaient aussi variées que celles de leurs donneurs [8].

C'est désormais un médicament approuvé : Solide

Une sonde et un donneur frais sont difficiles à proposer à tout le monde, alors des entreprises ont transformé l'idée en produits.

En novembre 2022, la FDA a approuvé le premier, une dose unique de bactéries de donneur administrée par voie rectale. Dans une analyse de ses deux essais contre placebo, environ 70,6 % des personnes sont restées sans infection pendant 8 semaines, contre 57,5 % sous placebo [49].

Puis est arrivée une gélule. Dans un essai sur 182 personnes, des bactéries intestinales purifiées prises par la bouche ont fait passer le taux de retour de l'infection de 40 % à 12 % [9]. En avril 2023, la FDA l'a approuvée comme premier produit de bactéries intestinales pris par la bouche [10]. Cet essai a été payé par le fabricant.

Cela nous apprend quelque chose d'important. Une communauté de bactéries manquante peut vous rendre très malade, et la remettre en place peut vous guérir.

Ensuite : aider les médicaments anticancéreux à agir : Prometteur

C'est la frontière la plus porteuse d'espoir. Les médicaments immunitaires contre le cancer marchent chez certains patients et pas chez d'autres, et les bactéries intestinales semblent faire partie de l'explication.

Dans trois petites études sans groupe de comparaison, 45 personnes atteintes d'un mélanome avancé ont reçu des bactéries de donneur en plus d'un médicament immunitaire, et 22 d'entre elles ont répondu, dont certaines dont le cancer avait cessé de répondre auparavant [42, 43, 44]. Puis est venu un test équitable en 2026. Des chercheurs italiens ont réparti au hasard 45 personnes atteintes d'un cancer du rein entre bactéries de donneur et placebo, en plus des médicaments standards. Le cancer a été tenu en échec pendant une valeur médiane de 24,0 mois avec les bactéries de donneur, contre 9,0 mois avec le placebo [45]. Le critère principal de l'essai, la part des patients dont le cancer n'avait pas progressé à un an, était de 70 % contre 41 %, ce qui a manqué de peu le seuil permettant d'écarter le hasard.

Ce que vous pouvez faire vous-même : les aliments fermentés réduisent l'inflammation : Prometteur

Vous n'avez pas besoin d'un donneur pour changer vos bactéries intestinales. L'alimentation les remodèle en quelques semaines, et un type d'aliment s'est distingué dans le meilleur essai à ce jour.

Des chercheurs de Stanford ont assigné 36 adultes en bonne santé à manger soit plus d'aliments fermentés, soit plus de fibres, pendant 10 semaines [11]. Le groupe des aliments fermentés est passé de 0,4 portion par jour à 6,3. La variété de leurs bactéries intestinales a augmenté régulièrement, et 19 des 93 marqueurs d'inflammation dans leur sang ont baissé, dont un appelé IL-6 qui grimpe avec l'inflammation chronique.

Le groupe des fibres a doublé sa consommation, de 21,5 g à 45,1 g par jour. La variété de leurs bactéries n'a pas changé en 10 semaines, même si leurs bactéries produisaient davantage d'enzymes qui digèrent les fibres.

Cela ne fait pas des fibres un échec. Dans une revue du Lancet portant sur 185 études de long terme, les personnes qui mangeaient le plus de fibres avaient des taux de mortalité inférieurs de 15 % à 30 %, avec le plus grand bénéfice entre 25 g et 29 g par jour [12]. Personne n'a mesuré les bactéries intestinales dans ces études, donc on ne peut pas dire que les bactéries en sont la raison.

Cela marche aussi dans l'autre sens : vos bactéries décident de ce que vous tirez des aliments. Les grenades et les noix ne contiennent pas d'urolithine A, un composé vendu pour la santé des muscles et du cœur. Les bactéries intestinales la fabriquent à partir de ces aliments, et environ 1 personne sur 10 n'en fabrique pas du tout [46]. Quand 100 adultes ont bu du jus de grenade, seuls environ 40 % avaient un taux significatif dans le sang le lendemain [47]. Notre vérification des preuves sur l'urolithine A dit le reste.

L'essai de Stanford avait des limites. Il était petit, il n'avait pas de groupe mangeant comme d'habitude, et le résultat qu'il devait tester, un score immunitaire combiné, n'a changé dans aucun des deux groupes. La baisse des marqueurs d'inflammation était un résultat secondaire [11]. Les chiffres sur les fibres viennent surtout d'études qui observent ce que les gens mangent déjà, plus 58 essais sur 4 635 adultes qui ont mesuré des choses comme le poids et le cholestérol [12].

Les antibiotiques laissent une trace. Douze hommes en bonne santé ont pris trois antibiotiques puissants pendant 4 jours. Leurs bactéries intestinales étaient en grande partie revenues en 1,5 mois, mais 9 espèces courantes manquaient encore chez la plupart d'entre eux après 180 jours [13]. Dans une petite étude israélienne sur des volontaires en bonne santé, prendre un probiotique après des antibiotiques a retardé le retour des bactéries propres à chacun, par rapport à ne rien prendre ; aucun critère de santé n'a été mesuré [14]. Prenez des antibiotiques quand vous en avez besoin. C'est une raison de ne pas en prendre quand vous n'en avez pas besoin.

Les tests de selles à domicile ne sont pas prêts. Des scientifiques de l'agence américaine des normes, le NIST, ont mélangé un échantillon de selles jusqu'à ce qu'il soit homogène et l'ont envoyé à sept entreprises de tests, trois kits chacune. Les rapports listaient de 34 à 906 sortes de bactéries, et seules 3 sortes figuraient dans tous les rapports. Une entreprise a qualifié le même échantillon de sain deux fois et de malsain une fois. Trois des sept ont dit que C. difficile était présent et quatre ont dit que non [15]. Un groupe de 69 experts de 18 pays a conclu qu'il y a « des preuves insuffisantes pour recommander largement l'usage systématique des tests du microbiome en pratique clinique » [16].

Les limites : une seule infection, et seulement des donneurs dépistés

La preuve vaut pour une seule infection. Les deux produits approuvés sont destinés aux adultes dont le C. difficile est déjà revenu, pour empêcher la rechute suivante après les antibiotiques [10, 49].

Le premier essai était petit, 42 personnes, et tout le monde savait quel traitement il recevait [8]. L'essai de la gélule a été payé par son fabricant [9]. Le premier produit approuvé avait un avantage plus faible, 70,6 % contre 57,5 % [49].

Les selles d'un donneur peuvent apporter du mal autant que du bien. En 2019, deux personnes au système immunitaire affaibli ont contracté une infection à E. coli résistante aux médicaments par des greffes faites à partir des selles d'un même donneur, qui n'avaient pas été testées pour cela. L'une d'elles est morte [50]. Après cela, la FDA a exigé que les selles de donneurs soient testées pour ces bactéries, et les produits approuvés proviennent de donneurs dépistés. Malgré tout, la FDA indique qu'un produit fait à partir de selles humaines peut comporter un risque de transmettre une infection [49].

C'est pourquoi une greffe est un geste médical, jamais quelque chose à tenter chez soi.

Comment se classent les autres affirmations sur l'intestin

Guérir une infection ne prouve pas le reste de ce que dit le fil de Léo. Voici dix affirmations sur l'intestin, classées selon la qualité des preuves chez l'humain, de la meilleure à la plus faible.

Les trois premières sont traitées plus haut. Les autres suivent.

Les travaux sur l'animal qui les sous-tendent sont réels et frappants. Des souris élevées sans aucune bactérie, puis ayant reçu les bactéries intestinales d'un jumeau humain obèse, ont pris plus de graisse que des souris ayant reçu celles du jumeau mince [32]. La question, pour chaque affirmation, est de savoir si la même chose se produit chez l'humain.

Humeur : Prometteur

L'humeur a le plus d'essais, et ils penchent du côté positif. Une revue de 2025 a regroupé 72 essais randomisés de probiotiques et de compléments similaires. Les scores de dépression ont baissé d'une quantité modérée par rapport au placebo, mais les auteurs ont mis en garde contre « une forte hétérogénéité et une qualité méthodologique limitée », c'est-à-dire que les essais se contredisaient et que beaucoup étaient faibles [17].

Les essais pris un par un vont dans les deux sens. À Londres, 49 personnes sous antidépresseurs ont ajouté un probiotique ou un placebo pendant 8 semaines ; le groupe probiotique a fini avec des scores de dépression plus bas, 8,83 contre 11,09, dans une étude pilote [18]. Un essai suédois sur 75 personnes n'a trouvé d'effet sur aucune mesure [19]. Dans un essai chinois de 2026, 60 personnes dépressives ont reçu des gélules de bactéries intestinales de donneur ou un placebo en plus de leur médicament habituel. À 2 semaines, 30 % du groupe greffe avaient répondu contre 6,7 %. À 8 semaines, 43,3 % étaient en rémission contre 26,7 %, un écart qui pouvait être dû au hasard, si bien que l'essai a manqué son objectif principal. Le fabricant des gélules a participé au financement [20]. Derrière tout cela, il y a une étude belge sur 1 054 personnes dans laquelle deux groupes de bactéries intestinales étaient plus rares chez les personnes dépressives [21]. Cela montre un lien, pas lequel vient en premier.

Sommeil : Faible

Une revue de 14 essais a trouvé que les personnes sous probiotiques jugeaient leur sommeil meilleur de 0,78 point sur un questionnaire de 21 points. Le sommeil mesuré par des appareils n'a pas changé [22].

Énergie : Faible

Les personnes atteintes du syndrome de fatigue chronique (106 patients contre 91 personnes en bonne santé) avaient moins d'une bactérie qui fabrique le butyrate, un carburant pour la paroi de l'intestin [23]. Mais un essai de greffe sur 11 patients « n'a pas soulagé les symptômes » [24]. La meilleure nouvelle vient de Hong Kong : 463 personnes atteintes de COVID long ont pris un mélange de bactéries et de fibres ou un placebo pendant 6 mois, et les chances que la fatigue s'atténue étaient environ deux fois plus élevées avec le mélange [25]. Un seul essai dans une seule maladie doit être reproduit. La célèbre étude des « bactéries des marathoniens » a trouvé un microbe chez 15 coureurs, mais le test de performance a été fait sur 32 souris, qui ont couru 13 % plus longtemps [26].

Hormones : Faible

Chez 51 personnes, celles qui avaient une plus grande variété de bactéries intestinales avaient des taux d'œstrogènes plus élevés s'il s'agissait d'hommes ou de femmes ménopausées. Chez les femmes plus jeunes, les deux n'étaient pas liés [27]. Une analyse regroupée de 46 essais sur 3 516 personnes a trouvé que les probiotiques faisaient un peu baisser le cortisol, l'hormone du stress, et a jugé la certitude faible [28]. Pour la testostérone, il n'y a que des études qui observent des liens.

Fringales : Non prouvé

L'idée que les bactéries orientent ce que vous avez envie de manger est partie d'un article théorique de 2014 sans données [29]. Des souris ayant reçu différents ensembles de bactéries intestinales ont bien choisi des aliments différents [30]. Aucun essai chez l'humain n'a changé les bactéries intestinales puis mesuré les fringales. Ce qui s'en approche le plus a testé une substance que les bactéries fabriquent à partir des fibres : 60 adultes en surpoids qui en ont pris 10 g par jour pendant 24 semaines ont pris moins de poids [31].

Perte de poids par greffe : Réfuté

Trois essais randomisés ont donné à des personnes obèses les bactéries intestinales de donneurs minces : 22 adultes, 24 adultes et 87 adolescents [33, 34, 35]. Aucun n'a perdu de poids. Une analyse regroupée de 9 essais sur 303 personnes n'a pas non plus trouvé de différence de poids [36]. Une idée plus récente semble meilleure. Dans un essai de 2026 sur 90 adultes qui venaient de faire un régime, une bactérie inactivée par la chaleur appelée Akkermansia, prise chaque jour, a limité la reprise de poids sur 24 semaines à 1,2 kg contre 3,2 kg sous placebo [37].

Glycémie : Faible

Dans deux petits essais néerlandais chez des hommes, les bactéries de donneurs minces ont amélioré la réponse du corps à l'insuline après 6 semaines, et dans le plus grand, sur 38 hommes, l'effet avait disparu à 18 semaines [38, 39]. Akkermansia a amélioré la réponse à l'insuline d'environ 29 % dans un essai que 32 personnes ont terminé [40], puis n'a montré aucun bénéfice global chez 58 personnes atteintes de diabète de type 2 [41].

Pourquoi il y a encore beaucoup à découvrir

Seuls 28,7 % des fonds océaniques ont été cartographiés selon les normes modernes [1]. Votre intestin est un endroit de ce genre. Il abrite environ 38 000 milliards de bactéries, à peu près une pour chacune de vos propres cellules, et ensemble elles pèsent environ 0,2 kg [2]. Vous avez moins de 20 000 gènes [4]. Un catalogue établi à partir des bactéries intestinales de 1 267 personnes en a trouvé 9,9 millions [3]. Sur les 4 644 espèces intestinales recensées à ce jour, plus de 70 % n'ont jamais été cultivées en laboratoire, et 40 % de leurs protéines font des choses que personne ne sait encore nommer [5].

C'est donc une carte encore jeune, et le premier morceau de côte bien cartographié est une guérison.

Revenons à Léo. Oui, changer les bactéries intestinales a guéri une maladie, dans un essai assez net pour être arrêté tôt. Pour lui, les bocaux de kimchi et les légumineuses sont la partie de cette histoire qu'il peut utiliser aujourd'hui, et le test de selles peut attendre.

Notre note

Les notes pour l'humeur, le sommeil, l'énergie, les hormones, les fringales, le poids et la glycémie figurent dans le tableau de classement plus haut.

L'argument du camp d'en face : le premier essai comptait 42 personnes sans insu, et les essais arrêtés tôt ont tendance à montrer un effet plus grand que les suivants.

Les deux essais des produits ont été menés par les fabricants, et l'un a montré un avantage bien plus faible que l'autre.

Et une guérison ne se transpose pas à d'autres maladies. La même greffe n'a entraîné aucune perte de poids dans trois essais.

Ce qui changerait la note : un grand essai indépendant ne trouvant aucun bénéfice l'abaisserait. Un second essai randomisé sur le cancer atteignant son objectif principal ferait monter cette ligne à Solide.

Ce que cela signifie pour vous

• Si un C. difficile est revenu après des antibiotiques, demandez à votre médecin les traitements approuvés à base de bactéries intestinales. Ne tentez pas de greffe chez vous ; les selles d'un donneur doivent être dépistées [50].
• Mangez des aliments fermentés chaque jour. L'essai utilisait environ 6 portions par jour de yaourt, kéfir, kimchi, choucroute et kombucha, atteintes progressivement sur 4 semaines [11]. Choisissez-en vendus au rayon frais, avec des cultures vivantes. Si votre système immunitaire est affaibli, demandez d'abord à votre médecin.
• Mangez 25 à 29 g de fibres par jour : légumineuses, avoine, légumes, fruits et noix [12]. Notre article sur cinq leviers de santé couvre les preuves sur les fibres.
• Ne prenez des antibiotiques que lorsque vous en avez besoin, et terminez le traitement quand vous en prenez. Certaines espèces intestinales manquaient encore 180 jours plus tard [13].
• Attendez avant les tests de selles à domicile. Le même échantillon a reçu des rapports très différents [15].
• Si vous souffrez de dépression, un probiotique est un ajout peu risqué à votre traitement, et un mauvais remplaçant [17, 19].
• Sachez que vos bactéries intestinales changent ce que vous tirez de certains aliments. Elles décident si la grenade vous apporte de l'urolithine A.

Et ensuite

De plus grands essais de bactéries de donneur associées aux médicaments immunitaires contre le cancer sont en cours, et ce sont eux qu'il faut suivre. Nous mettrons cette page à jour quand ils publieront leurs résultats.

Prochainement dans cette série : une nouvelle étude sur ce que le sucre fait à vos bactéries intestinales pendant un traitement antibiotique, puis les aliments fermentés et les tests de selles à domicile, chacun à part.

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Sources